在臺灣史研究已蔚為風潮的今日，吳密察教授以其畢生學術關懷，提出一個根本性的詰問：「臺灣史是什麼？」本書不僅是對此宏大哉問的系統性回應，更是一場深刻的史學反思之旅。
本書的核心在於「史觀的建構」。吳教授引領讀者檢視不同時代的史料——不論是荷蘭的商業紀錄、清帝國的官方方志，或日本的治理檔案——並剖析其內含的權力視角與預設框架，論證我們所認知的「歷史事實」，實則是一種經過特定「濾鏡」折射後的結果。本書旨在探討，如何運用這些歷史資源，建立起真正屬於臺灣、並能與世界學術對話的主體性。
全書結構嚴謹，分為三部曲：
- 第一部 確立具臺灣主體性之史學的理論輪廓。
- 第二部 以乙未之役、近代財產制轉變等關鍵案例，展示史家精密分析史料、提出新觀點的技藝。
- 第三部 則挑戰諸如鄭成功政治動機、清代臺灣港口條件等根深蒂固的通俗觀念，提出極具顛覆性的考辨。
正如吳教授所述，他意圖以本書「挑釁通說」。這不僅是其個人研究成果的精粹，更是一份誠摯的邀請，期待與讀者共同對話，為臺灣史的深化及普及，預備一個更廣闊的未來。
殖民的開端與清朝支配
臺灣這個太平洋西緣的島嶼，原本是南島語系（Austronesian）原住民的生息天地。南島語系的原住民廣泛分布於太平洋與印度洋海域，以漁獵採集和燒畑農業為傳統生業，與隔著臺灣海峽相望的中國福建地區形成對照，具有獨自的不同文化。1
大致與歐洲諸民族之海外殖民同時，中華帝國自十六世紀中葉起也有海外殖民浪潮，尤其是東南沿海地區的居民，因迫於生計而大批向南中國海地區尋找新天地，進行移民與殖民運動，這是眾所皆知的華僑之出現。在這樣的背景之下，十六、十七世紀之交，中華帝國東南沿海，尤其是福建地區的人，來到了臺灣這個島嶼。但這個時期來臺灣的中國人為數不多，而且多是前來與日本人從事交易，或在臺灣附近海域從事亦盜亦商行為的冒險商人。一六二四年，荷蘭東印度公司占領本島南部的大員（今臺南市安平地方）海灣，做為其從事東亞轉口貿易的據點，並向西部平原地帶的原住民傳教，以後更在臺灣發展熱帶殖民農業（monoculture），生產蔗糖輸往日本、波斯地區。荷蘭東印度公司在臺灣經營農業，生產蔗糖，於是招徠對岸中國福建地區居民為公司經營之農園的農工，這是臺灣從原住民的初級燒畑農業走向高級農業之始。荷蘭時代晚期臺灣有中國農業勞動者大約二萬人。2
眾所周知地，在西洋殖民勢力來到東亞時，東中國海與南中國海域上，也正是海盜與冒險商人活躍的時代。在這些成股的海盜與冒險商人當中，鄭芝龍集團是十七世紀前期聲勢龐大的國際勢力。一六四○年代，崛起於滿洲的女真人王朝進入中國本部，不久也壓迫到根據地在中國東南沿海地區的鄭家勢力。鄭芝龍及其繼承者鄭成功，為了維護既有的勢力，對一路南下的清軍展開對抗行動。但鄭成功無法抵擋滿洲勢力，只好於一六六二年進據臺灣，隔著臺灣海峽與大陸的清帝國形成對峙之局。3
一六八三年，清帝國無法容忍在一海之隔的臺灣有一個對抗的勢力存在，於是發動軍事征伐，鄭家因此瓦解。由於臺灣不但位於海外，而且曾是反抗勢力的據點，因此清帝國在制服鄭家勢力後，雖在臺灣設置官府，但其施政的最重要考慮是防範臺灣再度成為反抗者結集的「逋逃之籔」，所以不但實行海禁政策限制大陸人民渡海來臺，而且在臺灣島內實行封山政策，將移民限制在西部平原地帶，不准移民進入東部山區。
雖然清帝國官方以各種禁令限制福建、廣東的人民前來臺灣，但中國大陸東南沿海的人，一方面由於生計壓迫的推力，一方面因為臺灣的確是個具有豐富生產力和各種機會之新天地的拉力，仍然前仆後繼地犯禁令、冒風濤，橫越臺灣海峽偷渡臺灣。這些漢人移民來到臺灣之後，向原住民爭奪土地，從事農業墾殖，並有不少人與原住民通婚混血。移民進行的墾殖不斷推進農耕前線，到了十九世紀初年大概西部平原地帶已是移植漢人的天下，平原地區的原住民則不是與移植漢人同化而消失於漢人之中，便是被移植漢人逼迫遷移至山間盆地或島嶼東部。相對於漢人移民積極拓墾挺進移民前線，清帝國卻仍然三令五申禁止移民「越界侵墾」，只有在移民的墾殖已有重大成效後，才被動消極地跟隨在移民之後設置行政官府，向開拓者徵稅。5
日本的殖民統治
十九世紀中葉，第二波帝國主義浪潮湧到東亞，臺灣又受到列強的覬覦，英國、法國、日本都曾經在臺灣發動軍事行動，即使美國、德國也曾經動過占領臺灣這座島嶼的念頭。一八九五年，清帝國在朝鮮半島與滿洲的軍事失敗，將臺灣這個殖民地割讓給日本。相對於清帝國這個消極的舊殖民政府，自一八九五年至一九四五年的五十年間，日本帝國這個新殖民政府在臺灣進行了積極而且有效率的殖民統治。
日本五十年的統治，為臺灣的社會、經濟，帶來了決定性的改變。日本殖民政府為了在臺灣獲取自然資源、生產物資、勞力，建立了有利於獲取的體制、有效的統治網絡，確立了命令下達和權力集中的系統。
新殖民政府建立了自行政中心直達全島各角落（平原地區）的階層式行政官廳系統。與這個系統並行的還有警察系統；殖民政府所辦的學校，也遍布全島。役場、警察派出所、小學，成為殖民官廳的末端組織。透過這個階層式的官廳系統，殖民政府的政令可以均質地快速傳達到地方末端。
除了有效的行政系統之外，日本殖民政府也在臺灣整備了交通系統，結果使臺灣可以一體化。在此之前，由於地理上東西向河川的阻隔，臺灣西部分別形成了幾個地域性的市場圈，全島南北並未聯結成一個互通有無的市場圈。